Den strenge og principfaste rektor på Saint Nicholas Church School, Søster Aloysius Beauvier (Streep), har meget svært ved at acceptere sognets radikale men meget populære præst Fader Flynn (Hoffman). Da hun får at vide, at præsten giver én speciel dreng ekstra opmærksomhed, er hun overbevist om at hun er på sporet af en mørk hemmelighed, men da der mangler beviser står kun tvivlen tilbage...