Peter Dinklage 1969. június 11-én született New Jerseyben, Morristownban. Családja német és ír származású. Édesanyja, Diane egy általános iskolában dolgozik zenetanárként, édesapja, John Carl Dinklage biztosítási ügynök. Peter születése óta achondroplasiás, amely a törpenövés egyik leggyakoribb fajtája. Ő az egyetlen a családban, aki ezzel a rendellenességgel küzd. Tinédzserkorában sokszor bántották a társai az iskolában, és ő maga is haraggal gondolt a betegségére. Most már úgy gondolja, hogy a magassága nem az ő problémája, hanem másoké. Középiskolája a Delbarton School volt, aztán 1991-ben megszerezte a diplomáját a Bennington Collegeban. Mindkét iskolájában dráma tagozatos volt.