우주 세기 0079년, 인류는 우주마저 전장으로 바꿔버린다. 세계 인구의 절반을 죽음으로 몰고가는 작전을 강행하는 지온 공국군. 이에 대한 열세를 만회하기 위해 압도적 전력으로 도전하는 지구 연방군. 그 뒤에서 교차하는 자비가 일족의 음모, 바꿀 수 없는 운명에 농락당하는 세이라 마스. 지온 군의 파일럿이 된 람바랄과 하몬. 사이드 7에서 형온히 지내는 아무로와 프라우의 일상에도 어두운 그림자가 찾아온다. 그리고 복수에 사로잡힌 지온군의 에이스, 샤아 아즈나블의 "붉은 혜성"으로서의 전설이 탄생한다.